מקור המים למוביל הארצי הינו מי הכנרת, המכילים חומרים מרחפים וקולואידליים בריכוזים משתנים. חברת מקורות מפעילה מערכות טיפול להרחקת חלקיקים גורמי עכירות ממי הכנרת, לפני כניסתם למוביל הארצי, הכוללות טיפול מכני, כימי וביולוגי. הטיפול הביולוגי מתבצע באמצעות דגים.

בראשית שנות ה- 70 החלו אנשי מקורות לפתח שיטה של פתרונות ביולוגיים לסילוק מטרדים כמו אצות, חלזונות ובעלי חיים זעירים, המתרבים במים וגורמים לעכירות, לטעמים ולריחות לוואי בלתי רצויים. טיוב המים בשיטה זו מתבצע באמצעות דגים "סניטרים", המתפקדים כעובדי הניקיון במאגרים.

האיש שהגה ויזם את יישום שיטה זו במוביל הארצי הוא הביולוג חיים לבנטר ז"ל, אשר התאים מערך של דגים המתאימים לאקולוגיה של מאגרי המוביל. המאגרים הצפוניים, צלמון ואשכול, אוכלסו במינים שונים של דגים, ובעקבות זאת צומצמו מאד המטרדים הביולוגיים במאגרים אלו. בהמשך, אוכלסו גם מאגרי מוביל במרכז ובדרום הארץ, וגם שם הושג שיפור ניכר באיכות המים.

מתוך ידע על שיטות דומות בעולם, כולל שיטות מסורתיות בגידול דגים בסין, לבנטר דאג לאיזון בין מיני הדגים ה"מגויסים". לדוגמא, דג הכסיף ניזון בעיקר מאצות מיקרוסקופיות אותן הוא מסנן מהמים, והקרפיון גדל-הראש ניזון מסרטנים זעירים ויצורים ירודים אחרים (זואופלנקטון) שאף הם מרחפים במים. טיפול ביולוגי שיתבצע באמצעות שני מינים אלו בלבד עלול לגרום לתוצאות שליליות, שכן חלק מהמזון שדגים אלו צורכים מופרש, שוקע ומתפרק בקרקעית המאגר, ובכך מעודד גידול מחודש של אצות ובעלי חיים זעירים. כדי למנוע תהליך כזה, מאכלסים את מאגר המים בדגים נוספים, הניזונים מקרקעיתו.       

דגי הקרפיון המצוי והקיפון (בורי) ניזונים מהקרקעית, מונעים גדילה של אצות קרקעיות ובכך משלימים את פעילותם של הכסיף והקרפיון גדל הראש. מיני אמנון מלחכים גם הם את הקרקעית ואת דפנות המאגרים. דג האמור (קרפיון העשב) ניזון מצמחי מים ומאצות חוטיות העלולים לגרום להפרעות בזרימת המים בתעלות ובמאגרים. דגים נוספים "המגויסים" ל"לוחמה הביולוגית" הם הלבראק (דג טורף) המדלל התרבות לא רצויה של דגיגים במאגרים, הקרפיון השחור זולל החלזונות, והקרפיון המצוי המקטין את הכמות של זחלי החרקים המימיים.

בעשורים האחרונים מאוכלסים כמעט כל מאגרי ההשקיה (מי קולחין ומי שיטפונות) של חברת מקורות בדגים, כדי למנוע מטרדים של יתושים וחרקי מים אחרים, או התפתחות של חלזונות, אצות וזואופלנקטון העלולים לסתום מסננים חקלאיים ואביזרי השקיה.