חברת מקורות מעורבת במספר מחקרים לבחינת טכנולוגיות ירוקות, ביניהם: איתור חומרי הדברה ביולוגיים שונים, בחינת קפסולות מיקרוניות עם שמנים אתרים ושימוש במכשירים מתקדמים להתרעה מוקדמת על זיהומים אפשריים.

בעשור האחרון כיסתה חברת מקורות את כל מאגרי מי השתייה במרכז ובדרום הארץ ביריעות צפות. כיסויים אלו מונעים חדירת אור, הגורמת להתפתחותם של אצות ושל יצורי מים זעירים הניזונים מהן. בנוסף, מונע הכיסוי כניסת אבק, חול, וחומר צמחי, הנישאים עם הרוח וכן חדירה של ציפורי מים ולשלשת. בעתיד הקרוב יכוסו גם חלק ממאגרי השפד"ן כדי למנוע גדילת אצות וזואופלנקטון הסותמים את המסננים. כיסוי המאגרים ימנע את הצורך בהכלרת המים בקו היציאה מהמאגר.  

חברת מקורות מעורבת במספר מחקרים לבחינת טכנולוגיות ירוקות נוספות. באחד הניסויים נבחנו חומרי הדברה ביולוגיים (מעכבי גדילה של חרקים) שאינם מזיקים כלל לדגים ולבני אדם ומשמשים להדברת זואופלנקטון סותם מסננים במאגרי השקיה. חברת מקורות שוקלת בימים אלו בחינת טכנולוגיה ירוקה נוספת של הדברת יצורי מים מזיקים באמצעות קפסולות מיקרוניות עם שמנים אתריים ותרכובות אחרות ידידותיות לסביבה – תוצר של המצאה ישראלית חדשה.

כמו כן, נעשה שימוש בדגים, בסרטנים זעירים (דפניות) ובמכשירים מתקדמים להתרעה מוקדמת על זיהום אפשרי במי הירדן, במי הכנרת ולאורך ה"שדרה המרכזית" במערכת אספקת המים. 

בחודשים האחרונים החל תהליך יישום של מתקני חיטוי בהם חומר החיטוי מיוצר במתקן עצמו, ללא שימוש בכימיקלים. בערבה נעשה שימוש במערכות חיטוי אלקטרוליטיות, בהן מיוצר כלור פעיל (Cl2) וחומרים מחמצנים נוספים, באמצעות תגובה בין אנרגיה חשמלית ויון הכלוריד (Cl-), המצוי באופן טבעי במים. מערכות מסוג זה ישמשו לחיטוי מים ב- 12 מתפילים קטנים, המספקים מי שתייה לישובי הערבה. טכנולוגיית חיטוי אלקטרוליטי נוספת, בה מקור הכלוריד הינו תמלחת של מלח בישול (NaCl), נבחנת בימים אלו במתקן ניסוי המותקן בקידוח בחבל לכיש.