חברת מקורות צברה במהלך השנים ידע וניסיון רב בקידוחי מים וניצול מי תהום (גם הודות להשקעותיה בתחום הקלינטק), תוך התמודדות מתמדת עם המבנה הגיאולוגי המורכב של מדינת ישראל. המקורות העיקריים למי התהום בארץ נמצאים בשני מוקדים עיקרים: אקוויפר ההר ואקוויפר החוף, התלויים במי הגשמים על מנת להתמלא מחדש. אקוויפרים נוספים וקטנים יחסית, מצויים בגליל המערבי והמזרחי, בגולן, בעמקים בבקעת הירדן ובערבה.

• אקוויפר ההר - משתרע מתחת לשדרת ההר המרכזית, מנחל תנינים בצפון ועד אזור באר שבע בדרום, ומהדום ההר במערב ועד קו גב ההר במזרח. המאגר הגדול מבין קבוצת המאגרים באקוויפר ההר הוא אקוויפר ירקון-תנינים הקרוי כך על שמן של נביעות מים טבעיות שקיימות בנחל ירקון ובנחל תנינים. 
  
  שטחו של אקוויפר ההר הוא כ- 3,000 קמ"ר ונפחו נאמד בכ - 30 מיליארד מ"ק. איכות המים בו טובה מאוד ולכן הוא משמש כמאגר משמעותי למי שתייה. כמות המים הניתנת לשאיבה מאקוויפר ההר עומדת על כ- 350 מיליון מ"ק מים בממוצע רב שנתי.
  
  
• אקוויפר החוף - מאגר מי תהום השוכן לאורך החוף, מקיסריה בצפון ועד לרצועת עזה בדרום. אקוויפר החוף משתרע על פני 2,000 קמ"ר ונפחו נאמד בכ - 20 מיליארד מ"ק. למקורות יש שני מפעלים להחדרת מי שיטפונות לאקוויפר החוף: נחלי מנשה ושקמה. לאקוויפר זה מספר יתרונות חשובים: הוא ממוקם באזור המאוכלס ביותר בישראל; איכות המים שבו טובה לשתייה ולחקלאות ובהיותו מאגר תת-קרקעי אין ממנו התאיידות.
  מנגד, שאיבת יתר מאקוויפר החוף חושפת אותו לחדירת מים מלוחים מן הים, וקרבתו לאזורים המאוכלסים מסכנת את איכות מימיו כתוצאה מחדירת זיהומים משפכים ביתיים ותעשייתיים. כדי לשפר את מאזן המים באקוויפר החוף, מאפשרות מערכות ניהול משאבי המים של מקורות להחדיר אל אקוויפר החוף מים מן המוביל הארצי. כמות המים הניתנת לשאיבה מאקוויפר החוף עומדת על כ - 250 מיליון מ"ק בממוצע רב שנתי.