מתקן התפלה קציעות, שהוקם בשנת 2002, פועל בשיטת האוסמוזה ההפוכה ומתפיל מי קידוחים מליחים -  ניצנה 3 ו-1, שני קדוחים מליחים בעומק 250 מטר. מי הקידוחים מועברים אל מתקן ההתפלה לצורכי תגבור אספקת מים לחקלאות ושתיה בישובים קדש ברנע, כמהין, באר מלכה, עזוז, כפר נוער ניצנה ומחנות צה"ל באזור קציעות. יכולת ייצור מים מותפלים במתקן הינה 8,600 מ"ק מים מותפלים ליום. כמות מי הגלם הדרושה למתקן הינה 10,000 מ"ק ביום.

המים המותפלים מחליפים את המים שהגיעו לאזור קציעות-ניצנה מהמערכת הארצית, המובילה מי כנרת ומי קידוחים מאזור מרכז הארץ וצפון הנגב. בסמוך למתקן ההתפלה הוקם מתקן נוסף המטפל בבורון שבמים, כדי למנוע נזק לחקלאות.