מתקן טיפול בשפכי באר שבע אשר הוקם בשנת 2001, נמצא בבעלות עיריית באר שבע ומתופעל ע"י "מקורות" (בהסכם עם "מנרב" – החברה המחזיקה בזיכיון העירייה על המט"ש למשך 25 שנה). המתקן מטפל בכ- 45,000 מ"ק ליום ובסה"כ ב- 16.5 מליון מ"ק בשנה. השפכים המגיעים למפעל מטופלים במתקן בטכנולוגית בוצה משופעלת. הקולחים המתקבלים הם ברמה שניונית ומסופקים להשקיה חקלאית ע"י אגודות חקלאיות.