בתעלת בית נטופה, מובלים המים לאורך כ- 17.5 ק"מ מתחנת צלמון לאתר אשכול. בדומה לתעלת הירדן ("התעלה הפתוחה"), גם תעלה זו פתוחה אך בעלת תחתית רחבה יותר ואליפטית. צורת בנייה זו נבחרה בשל טיב הקרקע שבה חפורה התעלה – קרקע חרסיתית שמנה. כדי למנוע את התפוררות דפנות התעלה, היה צורך למתן את שיפועיה. השיפוע נבנה ביחס של 1:3 ולפיכך, רוחב התעלה מגיע עד כ- 20 מ', עומק התעלה הוא כ- 2.6 מ' והמים זורמים בתוכה בגובה של 2.15 מ'.
כמו תעלת הירדן, גם תעלת בית נטופה גודרה משני צידיה. היא מוגנת על ידי תעלת ניקוז וסוללות מיוצבות. מעל לתעלה הוקמו גשרי מעבר מיוחדים למכוניות, אנשים ובעלי חיים.