מפעל השפד"ן הוקם ביולי 1975 ובינואר 1977 החלה החדרה של מים. המפעל נועד לטפל ולהשביח את מי הקולחים של מפעל השפד"ן באמצעות שדות חלחול לרמה שלישונית המותרת להשקיה בלתי מוגבלת של כל סוגי הגידולים החקלאיים. המים מוזרמים לנגב לצורך השקיה חקלאית.
במפעל הקו השלישי לנגב 5 שדות ההחדרה בשטח כולל של 1100 דונם ומסביבם כ-140 קידוחים אשר מפיקים כ-480,000 מ"ק ליממה.
מפעל זה חוסך שימוש במים שפירים לחקלאות ומעשיר את משק המים בכ-127 מיליון מ"ק בשנה. בנוסף, הטיפול בקולחים משחרר את הסביבה מנזקים סביבתיים שיכולים היו להגרם על ידי מי הקולחים.
הטיפול השלישוני להשבחת מי הקולחים פועל בשיטת החדרה-הפקה המבוססת על הצפה וייבוש לסירוגין של שדות החדרה חוליים, ומעבר מבוקר של הקולחים דרך החתך הבליתי רווי וחלק מהאקוויפר ושאיבה על ידי קידוחי הפקה הממוקמים מסביב לשדות ההחדרה. האזור הנפרד אשר נוצר בתוך האקוויפר מתחת לשדות ההחדרה מוקדש לטיהור ואגירה עונתית של הקולחים.