מתקן ההתפלה הוקם בשנת 2004 . המתקן הינו מתקן ייחודי הפותר את בעיית המלחת המים ועלית ריכוז הניטראטים בכ- 7 קידוחים באזור באר-טוביה, שפיר, משואות יצחק, זמורות וגת.  כדי לטפל במים אלו ולהמשיך ולנצל את מי הקידוחים, הוקם בחצר תחנת גרנות על שטח של 5 דונם, מתקן התפלה הפועל בשיטת האוסמוזה ההפוכה ובאמצעות ממברנות סלקטיביות המבצעות הפרדת מלחים וניטראטים.
ע"י התפלת המים המליחים, מטוהר בהדרגה כתם המלח המזיק לאיכות מי התהום והתפשטות המליחים לקידוחים נוספים. כתוצאה מכך, מתווספות כמויות אבודות של מים למשק המים. מהמתקן הונח קו ניקוז המסלק את הרכז מהמפעל.
המתקן מתפיל כ-  3 מיליון מ"ק בשנה ביחס השבה של 80-88%.