"מקורות" פועלת לשיפור מאזן משק המים בישראל באמצעות מגוון פעילויות, ביניהן מניעת זיהום מקורות המים, טיפול בשפכים והשבת קולחים להשקיית גידולים חקלאיים. החברה מטפלת בכ- 40% מהשפכים המטופלים בישראל.
פעילותה של "מקורות" במתקני הטיפול בשפכים (מט"שים) מתבססת על העיקרון לפיו מפגישים מיקרואורגניזמים בריכוזים גבוהים מאוד עם החומר האורגני שבשפכים, תוך אספקת חמצן מסיבית (תנאים אאירוביים). תהליך זה מקצר את זמן הטיפול הטבעי: משבועות וחודשים ארוכים למשך זמן של פחות מ- 18 שעות.

הטיפול בשפכים כולל מספר שלבים:

• טיפול קדם – בשלב זה מסולקים חומרים גסים או מרחפים כגון חול, סמרטוטים, אבנים ופלסטיקים. טיפול זה כולל סינון גס על ידי מגובים והרחקת חול ושומנים באגני גרוסת.
• טיפול ראשוני- תהליך פיזיקלי של שיקוע שמטרתו להקטין את העומס האורגני על הטיפול הביולוגי (השניוני) עתיר האנרגיה. בתהליך זה מסולקים באמצעות שיקוע גרביטציוני( כוח הכבידה כ- 30% מהחומרים האורגניים וכ- 40% - 60% מהמוצקים המרחפים).
• טיפול שניוני – תהליך ביולוגי שמטרתו לפרק את החומרים האורגניים בשפכים. התהליך מתבצע בעזרת ניצול חיידקים ומיקרואורגניזמים המעכלים את חומר האורגני, תוך החדרת חמצן לנוזל באמצעים מכניים (מאווררים או פעפוע של בועות אוויר).

שיטות הטיפול בשפכים:

• אגני חמצון- השפכים שוהים בבריכות מספר ימים, עד להתרבות אצות ירוקות. בתהליך פוטוסינתזה משחררות האצות חמצן רב, המנוצל על ידי החיידקים לפירוק החומר האורגני בשפכים.
• בוצה משופעלת – אוכלוסיה צפופה של מיקרואורגניזמים מוחזקת במצב מתמיד של סחרור/ ערבול בתוך הריאקטורים שאליהם מוזרמים השפכים הגולמיים. לצורך קיומם מפרקים המיקרואורגניזמים את החומר האורגני ואת תרכובות החנקן והזרחן, מנצלים את החמצן המסופק באמצעים מכניים שונים ומכפילים את מספרם בקצב מהיר מאוד. החיידקים שמתרבים (בוצה משופעלת) מופרדים באגני שיקוע שניוניים והופכים לבוצה ביולוגית.
• טיפול בבוצה- מערך הטיפול בבוצה כולל בדרך כלל מערכת הסמכת בוצה (לפני תהליך עיכול/יצוב הבוצה), שמטרתה להגדיל את אחוז המוצקים בבוצה המופנית לעיכול.
  כעיקרון קיימים שני סוגי תהליכי עיכול בוצה : עיכול אנאירובי  בו מתרחש תהליך פירוק ע"י חיידקים, ללא נוכחות חמצן, בטמפרטורה בדרך כלל  שלc °35 - c °37 ועיכול אירובי : תהליך פירוק הבוצה בנוכחות חמצן בטמפ' של כ- c ° 18-25 .
  הבוצה המיוצבת מועברת לסחיטה לשם הוצאת המים ולקבלת בוצה במצב צבירה מוצק.

חברת "מקורות" מתפעלת מספר מתקנים מתקדמים לטיפול בשפכים, המתקנים ממוקמים בפריסה ארצית מצפון הארץ ועד דרומה.