חברת מקורות מפעילה מערך של כ- 3000 משאבות, מתוכן כ- 1800 משאבות המשמשות את מערכת אספקת המים הארצית. תפקידן של משאבות אלו הוא להגביר את הלחצים בקווי אספקת המים ולתגבר את השאיבה מהכינרת וממקורות המים האחרים. יתר משאבות המים הן משאבות אנכיות המותקנות בקידוחים.

מערכת אספקת המים למוביל הארצי המבוססת על שאיבה מהכינרת, כוללת שתי תחנות שאיבה ראשיות, תחנת ספיר ותחנת צלמון. הספיקה של כל משאבה היא 23,000 מ"ק לשעה וסך כל ספיקת השאיבה מהכנרת הוא 75,000 מ"ק לשעה.

מקורות עוקבת באופן קבוע אחר יעילות המשאבות על מנת לשמור על צריכת אנרגיה נמוכה. המעקב מתבצע באמצעות בודקי משאבות ובעזרת תוכנת מבחני שדה אליה מוזנים נתוני הקריאה בשטח, תוך כדי שימוש במערכות בקרה ושליטה מרחוק. בנוסף, במטרה להשיג צמצום נוסף בצריכת האנרגיה של המשאבות, בוחנת מקורות כל הזמן שיפורים אפשריים בחומרים המשמשים להרכבת ציוד השאיבה.