חבל הירדן אחראי על ניהולו ותפעולו של גדול מפעלי המים בישראל – המוביל הארצי. המרחב פועל באמצעות שלוש יחידות שדה: יחידת "תחנות", יחידת "מובלים" ויחידת "המעבדות ואגן ההיקוות". אלו אחראים על טיפול במים עיליים – מי הכינרת ואספקת המים החל מתחנת ספיר שעל גדות הכינרת ועד לראש העין.
משימתו העיקרית של המוביל הארצי הייתה להוליך מים להפרחת הנגב, אולם במרוצת השנים תפקודו השתנה והיום הוא מספק את מירב מי השתייה של מדינת ישראל. כמו כן, משמש המוביל להולכת מים ליישובי הנגב הצפוני, מוביל מי קידוחים של מרחב המרכז בחלקו הסגור ואחראי על החדרת מים לקרקע.
בשנת 1964 הקימה מקורות את מפעל הטיית המעיינות המליחים (ה.מ.מ.) במסגרת המוביל הארצי, על מנת למנוע זרימת מעיינות מלוחים לכינרת ובכך להקטין את ריכוז הכלורידים במים. המפעל, שאורכו כ-22 ק"מ עובר במקביל לחוף המערבי של הכינרת, החל במעיינות נור (טבחה) ומסתיים דרומית לשפך הכינרת לירדן.
המפעל, שקלט בתחילת דרכו מעיינות מלוחים בלבד כדי למנוע את זיהום מי הכינרת, החל לקלוט את שפכי היישובים הנמצאים לאורכו. כיום, המפעל משמש גם כפתרון לסילוק הקולחין והביוב של הישובים ממערב לכינרת.
פרויקטים חדשים
חברת מקורות חנכה זה מכבר את "מתקן הסינון הארצי" באתר אשכול, מפעל מים הנחשב לאחד המפעלים המובילים והמתקדמים בעולם, מבחינת יעדי איכות המים וכמות המים שיטופלו בו – כ-1.7 מיליון מ"ק ביממה. פעילות המתקן משפרת עוד יותר את איכות המים המגיעים לתושבי מדינת ישראל מהמוביל הארצי, כאשר יעדי המתקן מבחינת איכות המים, שווים ליעדים המקובלים בעולם המערבי – עובדה שתגביר משמעותית את אמינותם התברואתית של המים שכבר היום נחשבים איכותיים מאוד.
אתר אשכול כולל את מערך הניטור ועיבוד הנתונים של אגן ההיקוות בכינרת, שאחראי על ניטור רציף ומקוון מהמתקדמים בעולם וכולל הפלרה והכלרה בהתאם להנחיות משרד הבריאות ופיתוח תהליכי חיטוי ייחודיים. בנוסף, באתר ממוקמת המעבדה המרכזית של חברת מקורות, המצוידת במכשור החדיש והמשוכלל ביותר בארץ ובעולם ובעלת יכולות גבוהות מאוד בתחום הכימיה, הבקטריולוגיה והביולוגיה.