למים המופקים ממקורות המים השונים (הכנרת, מי תהום, מי ים, מים מליחים ומי מעיינות) הרכב כימי שונה. השונות באיכות הכימית נובעת מסיבות גיאולוגיות, סוג מקור המים ורמת מליחות. בצד השונות בהרכב הכימי של כל אחד מהמקורות, קיימת גם שונות באיכות המיקרוביאלית, הנובעת מהבדלים בסוג המקור, ובכך בחשיפה לזיהומים. בעידן המודרני, כל מים עוברים טיפול על מנת להכשירם למי שתייה. הטיפול הנפוץ ביותר הוא חיטוי המים, בדרך כלל על ידי כלור. החיטוי מבטיח את איכותם הבקטריאלית של מי השתייה ואת קטילת  החיידקים הנמצאים במים. החיטוי מעוגן בתקנות בריאות העם ומחויב על פי התקנה.
הטיפולים הנוספים הנפוצים לטיפול במים הינם סינון מים עיליים כגון מי הכנרת ומי מעיינות להרחקת חומרים מרחפים במים כגון חרסיות וגורמים ביולוגיים, הוספת פלואוריד בהתאם לתקנת משרד הבריאות עבור בריאות השן ושיפור טעם וריח המים בהרחקת סולפידים וחומרים טבעיים אחרים הנמצאים במים.

הטיפול הביולוגי באמצעות דגים
הטיפול הביולוגי שהחל בראשית שנות ה- 70, התבצע באמצעות דגים שמילאו את תפקיד ה"סניטרים" במים. השיטה מתבססת על עקרונות תורת האקולוגיה: מטרדים שונים הגדלים באופן טבעי בגופי מים, הם חוליות במארג המזון המתפתח במים, והם מהווים מזון טבעי לדגים השונים. הדגים "הסניטריים" אוכלים את האצות, חלזונות ובעלי חיים זעירים, מבלי לזהם את המים.
על פי שיטת הטיפול הביולוגי, אוכלסו המאגרים הצפוניים של המוביל הארצי, צלמון ואשכול, במינים שונים של דגים, תוך שמירה על איזון בינהם כמרכיב חיוני בהצלחת הטיפול. בתחילה הוכנסו למאגרים דגי אמנון וקרפיון מצוי ובהמשך דגי הקיפון (בורי).
מאז יישומה, מוכיחה השיטה הביולוגית את יעילותה וכיום היא מנוצלת גם להקטנת מטרד הסתימות במערכות המים המיועדים להשקיה, המקבלות מים ממאגרים פתוחים.

טכנולוגיות מתקדמות לטיפול במים
מחקרים וניסויים שנערכו בעולם, מצביעים על כך שהדרך היעילה ביותר להרחקת חלקיקים מרחפים גורמי עכירות במים, העלולים להצביע על זיהום במים היא סינון בטכנולוגיות מתקדמות. לצורך כך, הקימה מקורות את מפעל הסינון הארצי באתר אשכול אשר בחבל ירדן. במתקן, בין המובילים והגדולים בעולם, עוברים המים דרך מצע של חומר גרגירי טבעי (אנטרציט), בדומה למסנן חול, להרחקת  חומר מרחף הנמצא במי הכנרת, ובכך משפר משמעותית את איכות מי המוביל הארצי.
בנוסף, משתמשת מקורות בטכנולוגיות חדישות ביותר על מנת להבטיח איכות מיטבית של מי השתייה. במרחב צפון כדוגמא משתמשת מקורות במסנן פחם פעיל להרחקת  גורמי טעם וריח במים המסופקים לעיר טבריה. במרחב מרכז  מרחיקה מקורות  את סולפיד המימן באמצעות מתקני אוורור ולאחרונה מקימה מתקני חימצון קטליטי בטכנולוגיה המתקדמת בעולם. המימן הגופרי הוא חומר טבעי המצוי במים והגורם לטעם וריח. ובמרחב דרום מרחיקה מקורות  ברזל הנמצא באופן טבעי במים, שאמנם אינו מסוכן לבריאות  אך עלול לגרום לכתמים צהובים בכיור ועל הכביסה.

מקורות מאמצת טכנולוגיות טיפול חדשות הידידותיות לסביבה (ירוקות)  כדוגמת חיטוי המים ללא צורך בשינוע כימיקלים הן במערכות אלקטרוליטיות והן במערכות UV.