העלייה ברמת החיים הביאה למודעות הולכת וגוברת לאיכות מי השתייה שלנו. חברת מקורות מתמודדת בהצלחה עם הדרישות המחמירות לאיכות המים באמצעות מערכת עצמאית של בקרת איכות אותה היא מנהלת. במקביל מבצעת מקורות מחקרים וסקרים בתחומים של מניעת זיהום מקורות המים, ומשקיעה משאבים רבים בפיתוח טכנולוגיות מים מתחום הקלינטק.

מערכת בקרת האיכות של מקורות כוללת שורת מעבדות חדשניות לבדיקת דגימות מים ומנגנון פיקוח המוודא עמידה בתקני האיכות של משרד הבריאות. החברה משקיעה מאמצים ואמצעים רבים בבדיקות איכות המים המבוצעות במעבדה המרכזית של החברה ובמעבדות האזוריות. הבדיקות נערכות במקורות המים (קידוחים, מי מעיינות ומי כינרת), במערכת ההולכה, במאגרים, בבריכות ובכניסות ליישובים, הרבה מעבר לנדרש בתקנות.

בשנת 2007 חנכה מקורות באתר אשכול את מתקן הסינון הארצי, הנחשב לאחד המפעלים המובילים והמתקדמים בעולם, מבחינת יעדי איכות המים שלו ומבחינת כמות המים שיטופלו בו-  1.7 מיליון מ"ק ביממה.

פעילות המתקן באתר אשכול משפרת עוד יותר את איכות המים המסופקים לתושבי מדינת ישראל, ועומדת בקו אחד עם היעדים המקובלים בעולם המערבי. בנוסף, מבוצע במתקן ניטור רציף ומקוון מהמתקדמים בעולם וטיפול במים על פי תקנות בריאות העם ודרישות משרד הבריאות.