שמירה על מקורות המים היא אחד הנושאים החשובים ביותר על סדר היום הסביבתי-לאומי של מדינת ישראל. חברת מקורות ניצבת בראש המאבק לשמירה והגנה על מקורות המים ואחראית על מניעת זיהומם ושמירה על איכותם לאורך זמן.
חברת מקורות פועלת רבות למניעת מטרדים סביבתיים באזור מתקניה, תוך יישום טכנולוגיות מים מתחום הקלינטק שהינן ידידותיות לסביבה ושיקום מקורות מים קיימים.
במסגרת הפעילות למניעת מטרדים סביבתיים, דואגת מקורות לטיפוח סביבתי ושיקום נופי במתקני החברה, לטיפול במטרדי ריח ומניעת פליטת מזהמים לאוויר, לטיפול במטרדי רעש ולשימוש בכימיקלים בטיחותיים בקרבת אוכלוסייה.
מקורות עוקבת בדאגה אחר מוקדים המהווים פוטנציאל זיהומי למקורות מי השתייה שלנו. בין מוקדי הזיהום הפוטנציאליים ניתן למנות מערכות ביוב, מתקני טיפול בשפכים (מטש"ים), מזבלות, מטמנות, מחצבות, תחנות דלק, אזורי גידול בעלי חיים, אזורי תעשייה בעלי פוטנציאלי לזיהום סביבתי ועוד.
מסיבה זו הציבה לעצמה חברת מקורות כיעד מרכזי, למנוע ולמזער את המשך זיהום מקורות מי השתייה. לצורך עמידה ביעד חשוב זה מבצעת מקורות סקרים סביבתיים יזומים (המבוססים על מתודולוגיה הנדסית סדורה) במטרה לאתר מקורות זיהום פוטנציאלים העלולים לפגוע ולזהם את מי התהום. מטרת הפרויקט היא למנוע את המשך זיהום מי התהום ולשמר את המים לדורות הבאים.
חברת מקורות מספקת תשתית לאיתור מוקדי זיהום פוטנציאליים, ידועים וחדשים. למקורות אין את הסמכות הסטטוטורית לטיפול והסדרת המפגעים הללו אולם היא פונה לרשויות הרלוונטיות לקידום הסדרת המפגעים. פעילויות אלה מתייחסות למקורות המים ולא למים המסופקים לצרכנים, אשר מנוטרים בהקפדה ואיכותם טובה וראויה.