בדיקות המתבצעות מדי שנה. בכל שנה מתבצעות כ – 20,000 בדיקות בקטריאליות למי השתייה ב – 1200 נקודות דיגום במערכת אספקת המים (בכניסה למערכת האספקה, לאורך המערכת ובנקודות כניסת המים ליישובים) ועוד כ – 20,000 בדיקות בקטריאליות ב – 740 נקודות דיגום במקורות המים.
כמו כן, בכל שנה מתבצעות למעלה מ – 50,000 בדיקות של פרמטרים כימיים במי השתייה. במקרה בו נמצאת חריגה, מופסקת אספקת המים ומתבצע טיפול להרחקת הרכיב שרמתו חורגת מהמותר.

החומר האורגני המוצק (יחסית) של מי השפכים הנוצר בתהליכי טיהור השפכים. הבוצה המתקבלת מתהליכי הטיפול עוברת בדרך כלל תסיסה ביולוגית בתנאים של חוסר חמצן (אנאירובית) שלאחריה משתחרר גז מתאן CH4 וגזים נוספים שמהם ניתן לייצר חשמל או להשתמש בהם כדשן אורגני.

אוכלוסייה צפופה של מיקרואורגניזמים מוחזקת במצב מתמיד של סחרור/ערבול בתוך הריאקטורים שאליהם מוזרמים השפכים הגולמיים. לצורך קיומם מפרקים המיקרואורגניזמים את החומר האורגני ואת תרכובות החנקן והזרחן, מנצלים את החמצן המסופק באמצעים מכניים שונים ומכפילים את מספרם בקצב מהיר מאוד. החיידקים שמתרבים (בוצה משופעלת) מופרדים באגני שיקוע שניוניים והופכים לבוצה ביולוגית.

תכנון המערכת בראייה ביטחונית באמצעות: מיגון פיזי של המתקנים, הצבת אמצעי הגנה אלקטרוניים במתקנים רגישים, ניטור איכות המים לאורך מערכת האספקה, שילוב אמצעי גילוי וזיהוי של רעלים ושימוש בתבחינים ביולוגיים.

חברת מקורות מתחזקת כ - 640 בריכות מים למטרות שונות המיועדות לאגירת מי שתייה, לחקלאות, מי גלם להתפלה וכו'.