הולכת מים

"מקורות" הינה הבעלים של תשתית הולכת המים הארצית, לרבות המוביל הארצי וכן הבעלים של תשתית הולכת המים האזורית באזורים מסוימים. "מקורות" אחראית על הולכת המים עד לרשויות המקומיות אך תשתית ההולכה בתוך הרשויות ועד לבתי הצרכנים הינה באחריות הרשויות המקומיות. עליהן חלה האחריות, לדאוג לאספקת המים, לניקוז ולטיפול בביוב.

בעקבות תחזוקה לקויה של מערכות המים והביוב העירוניות, נחקק ביולי 2001 "חוק תאגידי מים וביוב" אשר מגדיר יצירת תאגידי מים מוניציפאליים אשר יכולים להיות בבעלות גוף פרטי בתמורה לתשלום דמי זיכיון חד פעמיים או מתמשכים לרשות המקומית. כלומר, כל מערכות תיעול המים, הניקוד, הצנרת והביוב יהיו נכסים פרטים בבעלות פרטית ויטופלו בהתאם.

הקצאת מים

המשרד לתשתיות לאומיות הוא האחראי על חלוקת המים הכללית באמצעות רשות המים. המשרד מחליט על ההקצאות לכל תחום (במיוחד לחקלאות) ומוסמך להתקין תקנות לקיצוב מים במקרה חירום.  משרד החקלאות בתיאום עם המשרד לתשתיות לאומיות קובע את המכסה לחקלאות והן את החלוקה הפנימית לפי ענפים ולפי איכות המים (מים שפירים, קולחין) וכו'.  כמו כן, קובע המשרד את חלוקת הקיצוץ במים בין הענפים השונים ואת פרישתו לאורך השנה במידה וקיים קיצוץ.

משרד החוץ מעורב בהחלטות על הקצאות מים במסגר המו"מ לשלום עם ירדן ועם הרשות הפלשתינאית.
הרשויות המקומיות הן האחראיות על חלוקת המים לצרכנים הביתיים. הפיקוח על ההקצאות ועל ההקצבות נמצא בידי רשות המים ובפועל מבוצע גם ע"י משרד החקלאות והרשויות המקומיות.

איכות המים

משרד הבריאות קובע את תקני איכות המים ואחראי גם לתקנות הקובעות את הפרדת מי הביוב ממי השתייה, לתקנות הקובעות את רמת טיהור מי השופכין ולכללים לעניין טיהור מי השופכים המיועדים לחקלאות. משרד הבריאות אחראי על בדיקת מקורות המים אשר אינם באחריות "מקורות" וכן על פיקוח הבדיקות המתבצעות ע"י גופים אחרים. בנוסף למשרד הבריאות, חלק מהאחריות בכל הנוגע לשמירה על איכות המים מתוקף חוק המים נמצא באחריות המשרד לאיכות הסביבה. המשרד לאיכות הסביבה מנהל מעקב שוטף על הזיהומים במקורות המים, בנחלים ועל הזיהומים הנגרמים משפכים עירוניים ותעשייתיים.

"מקורות" מנהלת מעקב ובקרה על איכות המים באופן שוטף וכן באמצעות מעבדות החברה. מנהלת הכנרת אחראית על איכות מי הכנרת ופועלת בשיתוף פעולה עם "מקורות" לפיתוח ושימוש בשיטות שונות למניעת זיהומים באגם.

תמחור ורגולציה

ככלל, מועצת המים אחראית על קביעה כללית לחישוב מחירי המים. בפועל קביעת המחיר מתבצעת תוך חלוקה למגזרים שונים:

רשויות מקומיות:
שר הפנים בהסכמת שר האוצר ובאישור וועדת הכספים אחראי לקביעת תעריפי המים המסופקים על ידי הרשויות המקומיות. מחיר המים משתנה בין הצרכנים השונים וגדל בצריכה הביתי בהתאם לכמות הנצרכת.

המגזר החקלאי :
משרד החקלאות בתיאום עם מועצת המים ובכפוף להסכמת שר האוצר וועדת הכספים אחראי לקביעת מחירי המים לחקלאות.

הסכם עלויות עם הממשלה החל מ- 93' למקורות הסכם עם הממשלה (הסכם העלויות) לכיסוי עלות נורמטיבית להפקה, הולכה ואספקה של מים. במהלך חודש אוגוסט 2007, נחתם הסכם עלויות חדש בין "מקורות" לבין הממשלה למשך שנתיים (1.1.07- 31.12.08), עם אפשרות להארכה לשנה נוספת. באמצעות ההסכם "מקורות" תמשיך ולהתנהל על בסיס כלכלי- עסקי. כמו כן, מסדיר ההסכם את שינוי המבנה הארגוני בחברת "מקורות". במסגרת השינוי המבני תוקמנה שתי חברות בנות למקורות כאשר מקורות תמשיך לעסוק בהפקה, הולכה ואספקת מים. חברת בת אחת תקרא "מקורות פיתוח וייזום" והיא תבצע, בין היתר, פעילות בתחום התפלת מי ים .לפי החלטת הממשלה החברה תקים מתקן להתפלת מי ים באשדוד בהיקף של 100 מלמ"ק .