כחלק מפעילותה לאבטחת איכות המים במדינת ישראל, מפעילה מקורות שש מעבדות מתקדמות המבצעות בדיקות של דגימות מים מכל הסוגים: מי שתייה, מי ים, מים שעברו התפלה, מי בריכות שחייה, שפכים, קולחים ובוצות. המעבדה המרכזית ממוקמת באתר אשכול ויתר המעבדות מפוזרות ברחבי הארץ: באתר ספיר, באתר ראש העין, בשפד"ן, באשקלון ובאילת.

המעבדות של חברת מקורות מוכרות על ידי משרד הבריאות כסמכות מורשית לבדיקת מדדים כימיים ומיקרוביאליים במי שתייה ובשפכים. מדי שנה מבוצעות בהן כ - 250,000 בדיקות שונות לכ- 70,000 מדגמי מים. כל המעבדות עברו הסמכה של משרד הבריאות והן עומדות בתקן ישראלי 17025 ISO/IEC ובתקני האיכות הבינלאומיים.

מרבית הבדיקות והפעילות המעבדתית של החברה מתבצעות במעבדה המרכזית באתר אשכול. מעבדה זו שוכנת במבנה חדיש ומרווח ומאובזרת בציוד הטכנולוגי המתקדם ביותר, שנועד לאפשר את קבלת התוצאות המדויקות ביותר. הודות למהימנותה הכיר בה משרד הבריאות כגורם מוסמך לביצוע כל הבדיקות המפורטות ב"תקנות בריאות העם" לאבטחת איכותם של מי השתייה ולביצוע בדיקות שפכים.

במבנה המעבדה באתר אשכול שלושה אגפים נפרדים שכל אחד מהם מוקצה לבדיקות מסוגים שונים: המעבדה הכימית, המעבדה המיקרוביאלית והמעבדה הביולוגית. כמו כן כולל המבנה חדרים נפרדים לתהליכי בדיקה ספציפיים, דבר המבטיח את אמינות תוצאות הבדיקות.

מדי שנה מתקבלים במעבדה הכימית באתר אשכול למעלה מ – 10,000 מדגמים. המעבדה מוסמכת ומוכרת לביצוע של מבדקים עבור למעלה מ – 100 פרמטרים כימיים, המהווים אינדיקציה להימצאותם של כל החומרים המזהמים המצוינים בתקן מי השתייה: חומרים אנאורגאניים, חומרים אורגאניים נדיפים, חומרי הדברה, מתכות כבדות וחומרים נוספים. כמו כן, במקביל לביצוע הבדיקות, מתקיימת במעבדה פעילות רחבת היקף לפיתוח ותיקוף שיטות לפרמטרים חדשים.

במעבדות המיקרוביולוגית והביולוגית מתקיימת פעילות ענפה לא פחות. מדי שנה מגיעים אליהן מעל ל - 8,000 מדגמים של מים, שבהן יש צורך לזהות, לבדוק ולאפיין מגוון מיקרואורגניזמים: אצות, חיידקים, וירוסים וטפילים חד תאים.

סטנדרטים בינלאומיים של מהימנות

במעבדות חברת מקורות מועסקים מומחים ברמה בין לאומית בתחומי הכימיה, המיקרוביולוגיה והביולוגיה. במסגרת תפקידם הם מנהלים ועורכים עשרות מחקרים שמטרתם פתרון בעיות איכות מים, הטמעת מִכשור חדיש לביצוע בדיקות מים במעבדה ובשדה ופתרון בעיות בטחון מים.

ביטוי נוסף לאיכות הבינלאומית של המעבדות ניתן למצוא בהכרה שהן זוכות לה מגופים חיצוניים מחו"ל. מזה מספר שנים משתתפות מעבדות חברת מקורות בקביעות בתוכנית של המכון הגיאולוגי האמריקאי (USGS) להשוואה בין מעבדות. בתוכנית זו, בה משתתפות בין 100 ל – 200 מעבדות שרובן מארה"ב, נבחנים מהימנותן ודיוקן של המעבדות.

במסגרת התוכנית מקבלות המעבדות מדגמי מים שתכולתם לא ידועה ומבצעות בהם בדיקות של הפרמטרים הנדרשים. בזכות הציוד הטכנולוגי החדיש ואיכות כוח האדם הגבוהה, מדורגות מעבדות מקורות באופן קבוע בחצי הגבוה של העשירון העליון של התוכנית.

בנוסף, משתתפות מעבדות מקורות במבדקי מהימנות של חברות אחרות – SPEX , GEMS ו –APG . מטרת ריבוי המבדקים היא להקיף ולכלול במבדקים מגוון רחב ככל האפשר של חומרים אורגנים ואנאורגניים.